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« ShinyProxy » : différence entre les versions
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→Conteneurisation de votre appli Shiny
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https://rocker-project.org/images/ | https://rocker-project.org/images/ | ||
Pour construire l'image docker à l'aide du Dockerfile, il faut lancer la commande docker build. Il est important de taguer l'image avec l'option -t. | L'image r2u est une bonne base assez simple à utiliser, car elle va chercher des binaires précompilés des packages R que l'on souhaite installer et toutes leurs dépendances, librairies système incluses ! Pratiquement rien n'y est pré-installé, il faudra donc bien préciser toutes les dépendances dont vous avez besoin. En contrepartie, l'image sera plutôt légère, ce qui est une bonne chose ! | ||
Voici un exemple de Dockerfile pour l'application GloUrb :<syntaxhighlight lang="dockerfile"> | |||
# On commence par définir l'image sur laquelle va se baser la notre | |||
FROM rocker/r2u:jammy | |||
# On précise quelques infos qui permettrons d'identifier l'image | |||
LABEL org.opencontainers.image.authors="Lise Vaudor <lise.vaudor@ens-lyon.fr>, Samuel Dunesme <samuel.dunesme@ens-lyon.fr>" | |||
LABEL org.opencontainers.image.source="https://github.com/glourb/glourbapp" | |||
LABEL org.opencontainers.image.documentation="https://evs-gis.github.io/glourbdoc/" | |||
LABEL org.opencontainers.image.version="0.0.0.9000" | |||
LABEL org.opencontainers.image.description="An app for the GloUrb project" | |||
# On peut éventuellement générer des locales supplémentaires si notre appli utilise d'autres langues que l'anglais | |||
RUN locale-gen fr_FR.UTF-8 | |||
# On liste maintenant toutes les dépendances R à installer | |||
RUN Rscript -e 'install.packages("tidyr")' | |||
RUN Rscript -e 'install.packages("shiny")' | |||
RUN Rscript -e 'install.packages("config")' | |||
RUN Rscript -e 'install.packages("testthat")' | |||
RUN Rscript -e 'install.packages("tibble")' | |||
RUN Rscript -e 'install.packages("purrr")' | |||
RUN Rscript -e 'install.packages("dplyr")' | |||
RUN Rscript -e 'install.packages("ggplot2")' | |||
RUN Rscript -e 'install.packages("forcats")' | |||
RUN Rscript -e 'install.packages("magrittr")' | |||
RUN Rscript -e 'install.packages("golem")' | |||
RUN Rscript -e 'install.packages("sf")' | |||
RUN Rscript -e 'install.packages("plotly")' | |||
RUN Rscript -e 'install.packages("spelling")' | |||
RUN Rscript -e 'install.packages("mclust")' | |||
RUN Rscript -e 'install.packages("leaflet")' | |||
RUN Rscript -e 'install.packages("cluster")' | |||
RUN Rscript -e 'install.packages("cowplot")' | |||
RUN Rscript -e 'install.packages("FactoMineR")' | |||
RUN Rscript -e 'install.packages("glue")' | |||
RUN Rscript -e 'install.packages("grDevices")' | |||
RUN Rscript -e 'install.packages("RColorBrewer")' | |||
RUN Rscript -e 'install.packages("remotes")' | |||
RUN Rscript -e 'install.packages("cicerone")' | |||
RUN Rscript -e 'install.packages("RPostgres")' | |||
RUN Rscript -e 'install.packages("DBI")' | |||
RUN Rscript -e 'install.packages("DT")' | |||
RUN Rscript -e 'remotes::install_github("glourb/glourbi")' | |||
# On copie l'arborescence de fichiers dans un dossier app à la racine de l'image. Ce sera le working directory des containers lancés avec notre image | |||
RUN mkdir /app | |||
ADD . /app | |||
WORKDIR /app | |||
# Si besoin, on peut installer notre package | |||
RUN R -e 'remotes::install_local()' | |||
# On détermine le port qui sera exposé | |||
EXPOSE 3838 | |||
# Pour plus de sécurité, on fait en sorte que les containers ne se lancent pas avec l'utilisateur "root", mais avec un utilisateur "app" dédié | |||
RUN groupadd -g 1010 app && useradd -c 'app' -u 1010 -g 1010 -m -d /home/app -s /sbin/nologin app | |||
USER app | |||
# Enfin, on précise la commande qui permet de lancer notre appli. C'est cette commande qui sera lancée par défaut par tout nouveau container lancé avec notre image | |||
CMD ["R", "-f", "app.R"] | |||
</syntaxhighlight>Pour construire l'image docker à l'aide du Dockerfile, il faut lancer la commande docker build. Il est important de taguer l'image avec l'option -t. | |||
<code>docker build ./Dockerfile -t ghcr.io/evs-gis/mapdoapp:latest -t ghcr.io/evs-gis/mapdoapp:2.0.1 -t ghcr.io/evs-gis/mapdoapp:$(git rev-parse --short HEAD)</code> | <code>docker build ./Dockerfile -t ghcr.io/evs-gis/mapdoapp:latest -t ghcr.io/evs-gis/mapdoapp:2.0.1 -t ghcr.io/evs-gis/mapdoapp:$(git rev-parse --short HEAD)</code> | ||