Accès à une BDD PostgreSQL - Historique des versions

Lvaudor le 9 octobre 2024 à 10:56

2024-10-09T10:56:07Z

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	=== Quelques fonctions utiles en R pour interagir avec la BDD glourb ===		=== Quelques fonctions utiles en R pour interagir avec la BDD glourb ===

	Pour interagir avec la BDD glourb depuis R, quelques fonctions utiles sont disponibles dans le package glourbi, installable via la commande suivante:		Pour interagir avec la BDD glourb depuis R, quelques fonctions utiles sont disponibles dans le package glourbi, disponible ici :https://github.com/lvaudor/glourbi et installable via la commande suivante:

	<syntaxhighlight lang="r">		<syntaxhighlight lang="r">
Ligne 84 :		Ligne 84 :


	Les fonctions ~~suivante (du package glourbi, disponible ici :https://github.com/lvaudor/glourbi )~~ permettent de filtrer les lignes relatives à une ville donnée dans une table(on lui fournit un citycode en entrée).
			Les fonctions suivantes permettent de filtrer les lignes relatives à une ville donnée dans une table(on lui fournit un citycode en entrée).

	Pour une table sans géométries		Pour une table sans géométries

Lvaudor le 9 octobre 2024 à 10:55

2024-10-09T10:55:09Z

@@ Ligne 58 : / Ligne 58 : @@
 </syntaxhighlight>ou pour une table comprenant des géométries:<syntaxhighlight lang="r">
 sf::st_read(dsn=conn,layer="StudyArea_reach_zone")
-</syntaxhighlight>Pour des tables plus volumineuses, il peut être pertinent de réaliser un filtre (en SQL) avant de récupérer la donné
+</syntaxhighlight>Pour des tables plus volumineuses, il peut être pertinent de réaliser un filtre (en SQL) avant de récupérer la donnée (voir section suivante).
-Les fonctions suivante (du package glourbi, disponible ici :https://github.com/lvaudor/glourbi ) permettent de réaliser cette opération en filtrant les lignes relatives à une ville donnée (on lui fournit un citycode).
+=== Quelques fonctions utiles en R pour interagir avec la BDD glourb ===
-Pour une table sans géométries<syntaxhighlight lang="r">
+Pour interagir avec la BDD glourb depuis R, quelques fonctions utiles sont disponibles dans le package glourbi, installable via la commande suivante:
 get_city_tib <- function (name, thisCityCode, conn)
+{
@@ Ligne 78 : / Ligne 104 : @@
      return(result)
+}
 </syntaxhighlight>
 [[Catégorie:Tutoriel]]
 [[Catégorie:Outils]]
 [[Catégorie:Données]]

Lvaudor le 9 octobre 2024 à 10:44

2024-10-09T10:44:58Z

← Version précédente		Version du 9 octobre 2024 à 12:44
Ligne 58 :		Ligne 58 :
	</syntaxhighlight>ou pour une table comprenant des géométries:<syntaxhighlight lang="r">		</syntaxhighlight>ou pour une table comprenant des géométries:<syntaxhighlight lang="r">
	sf::st_read(dsn=conn,layer="StudyArea_reach_zone")		sf::st_read(dsn=conn,layer="StudyArea_reach_zone")
	</syntaxhighlight>Pour des tables plus volumineuses, il peut être pertinent de réaliser un filtre (en SQL) avant de récupérer la ~~donnée. La fonction~~ suivante (du package glourbi, disponible ici :https://github.com/lvaudor/glourbi ) ~~permet~~ de réaliser cette opération ~~pour~~ une table sans géométries<syntaxhighlight lang="r">		</syntaxhighlight>Pour des tables plus volumineuses, il peut être pertinent de réaliser un filtre (en SQL) avant de récupérer la donné

			Les fonctions suivante (du package glourbi, disponible ici :https://github.com/lvaudor/glourbi ) permettent de réaliser cette opération en filtrant les lignes relatives à une ville donnée (on lui fournit un citycode).

			Pour une table sans géométries<syntaxhighlight lang="r">
	get_city_tib <- function (name, thisCityCode, conn)		get_city_tib <- function (name, thisCityCode, conn)
	{		{

Sdunesme : Sdunesme a déplacé la page Accès à une BDD PostGresQL vers Accès à une BDD PostgreSQL

2024-10-09T09:53:01Z

Sdunesme a déplacé la page Accès à une BDD PostGresQL vers Accès à une BDD PostgreSQL

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(Aucune différence)

Sdunesme le 9 octobre 2024 à 09:52

2024-10-09T09:52:48Z

← Version précédente		Version du 9 octobre 2024 à 11:52
Ligne 1 :		Ligne 1 :
	Cette page décrit la procédure pour se connecter à une base de données ~~PostGresQL~~		Cette page décrit la procédure pour se connecter à une base de données PostgreSQL

	=== Paramètres ===		=== Paramètres ===

Sdunesme : /* Paramètres */

2024-10-09T09:52:33Z

Paramètres

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Ligne 7 :		Ligne 7 :
	host: par exemple "blabla.fr"		host: par exemple "blabla.fr"
	port: par exemple 5440		port: par exemple 5440
			database: par exemple "gougoudb"
	user: par exemple "gougougaga"		user: par exemple "gougougaga"
	password: par exemple "fqsdfa_76864!_zer5678"		password: par exemple "fqsdfa_76864!_zer5678"

Lvaudor le 9 octobre 2024 à 09:45

2024-10-09T09:45:37Z

← Version précédente		Version du 9 octobre 2024 à 11:45
Ligne 30 :		Ligne 30 :
	=== Depuis R ===		=== Depuis R ===

	Dans R, il faudra enregistrer les paramètres de connexion dans le fichier .Renviron (qui est situé assez "bas" dans l'arborescence de fichiers, peut-être dans votre Home)~~. Si vous ne connaissez pas son emplacement, vous pouvez utiliser la fonction R ```usethis::edit_r_environ()``` qui vous ouvrira le fichier automatiquement, quel que soit son emplacement~~.		Dans R, il faudra enregistrer les paramètres de connexion dans le fichier .Renviron (qui est situé assez "bas" dans l'arborescence de fichiers, peut-être dans votre Home).

	Vous allez y enregistrer quelque chose qui ressemble à ceci (ici par exemple pour accéder à la BDD glourb, évidemment avec de fausses valeurs pour les paramètres...):		Si vous ne connaissez pas son emplacement, vous pouvez utiliser la fonction R suivante qui vous ouvrira le fichier automatiquement, quel que soit son emplacement.<syntaxhighlight lang="r">
			usethis::edit_r_environ()
	~~```~~		</syntaxhighlight>Vous allez y enregistrer quelque chose qui ressemble à ceci (ici par exemple pour accéder à la BDD glourb, évidemment avec de fausses valeurs pour les paramètres...):<syntaxhighlight>
	GLOURB_HOST="blabla.fr"		GLOURB_HOST="blabla.fr"
	GLOURB_PORT="5440"		GLOURB_PORT="5440"
	GLOURB_NAME="glourb"		GLOURB_NAME="glourb"
	GLOURB_USER_APP="gougougaga"		GLOURB_USER_APP="gougougaga"
	GLOURB_PASS_APP="fqsdfa_76864!_zer5678"		GLOURB_PASS_APP="fqsdfa_76864!_zer5678"
	~~```~~		</syntaxhighlight>Vous pourrez ensuite créer une connexion "conn" à la BDD à travers la commande suivante

	Vous pourrez ensuite créer une connexion "conn" à la BDD à travers la commande suivante

			<syntaxhighlight lang="r">
			conn <- DBI::dbConnect(RPostgres::Postgres(),
			host = Sys.getenv("GLOURB_HOST"),
			port = Sys.getenv("GLOURB_PORT"),
			dbname = Sys.getenv("GLOURB_NAME"),
			user = Sys.getenv("GLOURB_USER_APP"),
			password = Sys.getenv("GLOURB_PASS_APP"))


			</syntaxhighlight>Cette connexion vous servira alors à accéder aux données.

			Si la table est de dimension modeste (par exemple sur la base de données GloUrb, wikidata_table qui a environ 40 000 lignes et des colonnes "légères"), vous pouvez la lire directement de cette manière<syntaxhighlight lang="r">
			DBI::dbReadTable(name="wikidata_table",conn=conn)
			</syntaxhighlight>ou pour une table comprenant des géométries:<syntaxhighlight lang="r">
			sf::st_read(dsn=conn,layer="StudyArea_reach_zone")
			</syntaxhighlight>Pour des tables plus volumineuses, il peut être pertinent de réaliser un filtre (en SQL) avant de récupérer la donnée. La fonction suivante (du package glourbi, disponible ici :https://github.com/lvaudor/glourbi ) permet de réaliser cette opération pour une table sans géométries<syntaxhighlight lang="r">
			get_city_tib <- function (name, thisCityCode, conn)
			{
			sql <- glue::glue("SELECT * FROM {name} WHERE citycode LIKE ?thisCityCode")
			query <- DBI::sqlInterpolate(conn, sql, thisCityCode = thisCityCode)
			result <- DBI::dbGetQuery(conn = conn, statement = query)
			return(result)
			}
			</syntaxhighlight>et pour une table avec géométrie:<syntaxhighlight lang="r">
			get_city_sf <- function (name, thisCityCode, conn)
			{
			sql <- glue::glue("SELECT * FROM {name} WHERE citycode LIKE ?thisCityCode")
			query <- DBI::sqlInterpolate(conn, sql, thisCityCode = thisCityCode)
			result <- sf::st_read(dsn = conn, query = query)
			return(result)
			}
			</syntaxhighlight>
	[[Catégorie:Tutoriel]]		[[Catégorie:Tutoriel]]
	[[Catégorie:Outils]]		[[Catégorie:Outils]]
	[[Catégorie:Données]]		[[Catégorie:Données]]

Lvaudor : Page créée avec « Cette page décrit la procédure pour se connecter à une base de données PostGresQL === Paramètres === Pour vous connecter à une base de données, vous allez avoir besoin de connaître les paramètres suivants: host: par exemple "blabla.fr" port: par exemple 5440 user: par exemple "gougougaga" password: par exemple "fqsdfa_76864!_zer5678" Ces paramètres vous seront fournis par l'administrateur de la base de données (probablement Samuel!... »

2024-10-09T09:24:45Z

Page créée avec « Cette page décrit la procédure pour se connecter à une base de données PostGresQL === Paramètres === Pour vous connecter à une base de données, vous allez avoir besoin de connaître les paramètres suivants: **host**: par exemple "blabla.fr" **port**: par exemple 5440 **user**: par exemple "gougougaga" **password**: par exemple "fqsdfa_76864!_zer5678" Ces paramètres vous seront fournis par l'administrateur de la base de données (probablement Samuel!... »

Nouvelle page

Cette page décrit la procédure pour se connecter à une base de données PostGresQL

=== Paramètres ===

Pour vous connecter à une base de données, vous allez avoir besoin de connaître les paramètres suivants:

**host**: par exemple "blabla.fr"
**port**: par exemple 5440
**user**: par exemple "gougougaga"
**password**: par exemple "fqsdfa_76864!_zer5678"

Ces paramètres vous seront fournis par l'administrateur de la base de données (probablement Samuel!).

En fonction de ces paramètres, vos droits sur la base de données peuvent être différents (droits en lecture seule, ou en lecture/écriture)

=== Contraintes ===

Pour accéder à la base de données, vous aurez besoin d'être sur le réseau ENS (soit physiquement à l'ENS, soit passer par le VPN)

=== Accéder à la base de données depuis QGIS ===

Il faut configurer la base de données en renseignant les paramètres, et choisir un mot de passe maître sur QGIS (qui servira rarement, à l'installation de QGIS uniquement).

Pour cela, aller dans l'explorateur => PostgreSQL => clic droit Nouvelle Connexion.

Pour voir le contenu de la BDD, aller dans l'onglet Base de Données => DB Manager

Si vous souhaitez visualiser des couches dans votre projet: choisissez les dans l'explorateur => PostgreSQL => BDD => public puis choisir la table et clic droit => Ajouter la couche au projet.

=== Depuis R ===

Dans R, il faudra enregistrer les paramètres de connexion dans le fichier .Renviron (qui est situé assez "bas" dans l'arborescence de fichiers, peut-être dans votre Home). Si vous ne connaissez pas son emplacement, vous pouvez utiliser la fonction R ```usethis::edit_r_environ()``` qui vous ouvrira le fichier automatiquement, quel que soit son emplacement.

Vous allez y enregistrer quelque chose qui ressemble à ceci (ici par exemple pour accéder à la BDD glourb, évidemment avec de fausses valeurs pour les paramètres...):

```
GLOURB_HOST="blabla.fr"
GLOURB_PORT="5440"
GLOURB_NAME="glourb"
GLOURB_USER_APP="gougougaga"
GLOURB_PASS_APP="fqsdfa_76864!_zer5678"
```

Vous pourrez ensuite créer une connexion "conn" à la BDD à travers la commande suivante

[[Catégorie:Tutoriel]]
[[Catégorie:Outils]]
[[Catégorie:Données]]